El inmueble actual es el resultado de las distintas intervenciones producidas a lo largo del tiempo, siendo fundamentales las reformas que se realizaron en el siglo XVIII. A nivel artístico, este inmueble refleja el cambio estilístico que se produce en el siglo XVIII hacia unas formas típicamente barrocas. Se conservan algunos aspectos de la iglesia original, como el artesonado mudéjar, debajo de las bóvedas actuales, y el techo del inmueble. Debemos destacar igualmente la presencia de pinturas murales en la fachada, lo que responde a las características de la arquitectura malagueña del siglo XVIII. Inicialmente la iglesia tenía una nave y otra colateral edificados según los estilos arquitectónicos propios del gótico en la época de los Reyes Católicos con elementos mudéjares y arcos apuntados sobre pilares. Tenía también una torre terminada en 1543.
En 1554 por iniciativa del obispo Fray Bernardo Manrique el maestro mayor de la catedral Diego de Vergara dio las condiciones para una obra de gran envergadura. Se derribó la nave mayor desde el arco toral prolongándose la iglesia doce varas; además se suprimieron los arcos apuntados por otros de medio punto sobre pilares. Las dos naves se cubrieron con armadura realizada según técnica mudéjar: par y nudillo decorado de lazo con almizate en tramos cuadrados. La armadura subsiste oculta por encima de la bóveda actual y debajo de la cubierta.
En 1620 se hizo la otra nave colateral y la capilla mayor según trazas de Pedro Díaz de Palacios. Ya en 1680 un terremoto derribó su torre que fue reedificado por etapas entre 1732 y 1776.